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如何從唾液中提取到更多的DNA

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接

近些年來,隨著基因檢測和健康體檢的普及,唾液樣本由于其無痛采集、采樣方便的優(yōu)點(diǎn)變成了一種非常好的DNA來源樣本。一般采集唾液前,為了盡可能提高DNA的得率,會(huì)要求采樣者半小時(shí)內(nèi)不進(jìn)食或飲水。那么唾液中到底有多少DNA呢,怎樣才能提高唾液DNA的得率呢?抱著這樣的疑惑,我們進(jìn)行了以下實(shí)驗(yàn)。

實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>

探究唾液中的DNA濃度范圍以及如何提高唾液DNA的回收量。

實(shí)驗(yàn)材料

1. 唾液樣本;

2. 唾液DNA純化試劑盒(Simgen Cat.No.3501050);

3. 旋渦蕩器(越新儀器,XH-C

4. 臺(tái)式離心機(jī)(eppendorf Centrifuge 5415 D

5. 超微量分光光度計(jì)(Simgen Cat.No.sim100

6. 電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型 )

實(shí)驗(yàn)內(nèi)容

本次實(shí)驗(yàn)測試5位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食或飲水2小時(shí)后的唾液DNA濃度以及1位實(shí)驗(yàn)者不進(jìn)食或飲水不同時(shí)間后的唾液DNA濃度(為防止連續(xù)采集唾液對(duì)DNA濃度會(huì)有影響,改為每天采集一次)。

1. 用潔凈的一次性水杯收集1-2 ml唾液,轉(zhuǎn)移400 μl唾液到一個(gè)潔凈的1.5 ml離心管中,加入400 μl Buffer L5劇烈搖晃離心管35次,再旋渦振蕩30秒混勻,最高速(≥12000 rpm)離心1分鐘。

2. 將離心上清液倒入核酸純化柱中,蓋上管蓋,12000 rpm離心30棄濾液。

3. 在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WA,蓋上管蓋,12000 rpm離心30,棄濾液。

4. 在核酸純化柱中加入800 μl Buffer WB,蓋上管蓋,12000 rpm離心30,棄濾液。

5. 14000 rpm空離1分鐘,去除殘留液體。

6. 將核酸純化柱置于一個(gè)潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入100 μl Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置2分鐘,12000 rpm離心30,得到DNA

實(shí)驗(yàn)結(jié)果:

1. 在超微量分光光度計(jì)上用Buffer TE調(diào)零,測量提取好的DNA,結(jié)果如下:

表一:不同人提供的唾液樣本提取的DNA濃度

simgen-唾液DNA純化試劑盒-不同人提供的唾液樣本提取的DNA濃度表

A、BC、DE5位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水2小時(shí)后提供的唾液樣本提取出的唾液DNA

表二:同一人在不同條件下提供的唾液樣本提取的DNA濃度

simgen-唾液DNA純化試劑盒-同一人在不同條件下提供的唾液樣本提取的DNA濃度

條件1、23同一位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水不同時(shí)間后(0.5小時(shí)1小時(shí)、1.5小時(shí))提供的唾液樣本提取出的唾液DNA

4和5是同一唾液樣本,是該實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水2小時(shí)后提供的唾液樣本,4和12、3一樣是直接進(jìn)行提取,5則是在添加Buffer L5試劑后置于37℃搖床震蕩2小時(shí)(模擬唾液采集器采集唾液后運(yùn)輸?shù)男Ч┰?/span>提取的唾液DNA。12、3同一位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水不同時(shí)間后(0.5小時(shí)1小時(shí)、1.5小時(shí))提供的唾液樣本提取出的唾液DNA;

2. 1%的瓊脂糖凝膠上,加入5 μl提取到的唾液DNA電泳15 min,結(jié)果如下:

simgen-唾液DNA純化試劑盒-電泳圖

A、BC、D、E5位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水2小時(shí)后提供的唾液樣本提取出的唾液DNA的電泳結(jié)果;

1、2、3是同一位實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水后的不同時(shí)間(0.5小時(shí)、1小時(shí)、1.5小時(shí))提供的唾液樣本所提取出的唾液DNA的電泳結(jié)果

45是同一唾液樣本,是該實(shí)驗(yàn)者在不進(jìn)食、飲水2小時(shí)后提供的唾液樣本所提取出的唾液DNA的電泳結(jié)果,41、23一樣是直接進(jìn)行提取,5則是在添加Buffer L5試劑后置于37℃搖床2小時(shí)提取的唾液DNA。

討論與分析

1. 從表一數(shù)據(jù)分析可知,不同個(gè)體提供的唾液樣本DNA含量差異非常大,5位實(shí)驗(yàn)者中,最低的只提取了0.9 μg DNA,而最高的則提取到了11 μg DNA,有10倍的差異。

2. 從表二1、23、4的數(shù)據(jù)分析可知,對(duì)于同一個(gè)體而言,唾液中DNA含量相對(duì)比較穩(wěn)定。通過延長不進(jìn)食、飲水的時(shí)間,唾液DNA含量確實(shí)有所提高,因此可以通過選擇合適的時(shí)間段采集唾液以達(dá)到提高唾液DNA濃度的目的

3. 從表二4、5的數(shù)據(jù)分析可知,延長唾液和Buffer L5的混合時(shí)間,可以有效提高唾液DNA的得率。原因是Buffer L5與唾液中的細(xì)胞混合時(shí)間越長,基因組DNA就釋放得越充分。因此如果使用的是唾液DNA采集器(Simgen Cat.No.3521001,含有Buffer L5)收集后郵寄的唾液樣本,DNA的回收量會(huì)比直接收集唾液樣本提取的DNA更高。

4. 最后我們總結(jié)如下:

1) 不同個(gè)體提供的唾液樣本中DNA含量差異非常大,從400 μl提取到的DNA,數(shù)量大概在1~11μg的范圍波動(dòng)。

2) 由于唾液中DNA的含量本質(zhì)上是唾液中所含的口腔上皮細(xì)胞和白細(xì)胞數(shù)量所決定的。因此我們猜測這種差異終究還是由不同個(gè)體的差異所決定:一個(gè)原因是有的人的口腔上皮細(xì)胞容易脫落,有的人卻不容易脫落,就非常類似于不同的人的頭皮屑數(shù)量的差異。其次就是口腔潰瘍或者牙齦炎等因素又會(huì)非常大地影響唾液中白細(xì)胞的數(shù)量。

3) 針對(duì)同一個(gè)個(gè)體,唾液中白細(xì)胞的數(shù)量相對(duì)來說就比較恒定了,影響的因素主要是唾液中脫落的口腔上皮細(xì)胞的數(shù)量。為了使唾液中的口腔上皮細(xì)胞含量達(dá)到最大值,可以選擇經(jīng)過一夜睡眠后早晨醒來未喝水狀態(tài)下采集唾液,當(dāng)然如果同時(shí)使用唾液DNA采集器(Simgen Cat.No.3521001)采集唾液,存放一段時(shí)間后提取DNA效果會(huì)更好。

4) 當(dāng)我們碰到了唾液中DNA含量低的樣本時(shí),還有一個(gè)補(bǔ)救的方法,就多提取幾管同一個(gè)樣本中的DNA,然后在操作步驟2時(shí)將各個(gè)不同管的離心上清多次濾過同一個(gè)核酸純化柱,這樣就可以讓DNA富集到同一個(gè)純化柱上,達(dá)到提高DNA濃度的目的了。