我們先來看網(wǎng)絡(luò)上的一個求助帖:
已經(jīng)積攢了一批抗凝血,由于當時未多加考慮,取標本后就直接放在-80度了,請問:
這樣對提取RNA影響大嗎?我該怎樣防止血液融化時RNA被酶解呢?具體該怎樣操作呢?
謝謝。我是新手,請多幫助!!!!
回復(fù)1:凍存的時間過長,即使溫度很低,RNA也可能降解。你的這種情況,在融解之前在凍塊上面加入RNA酶抑制劑溶液后再融解,融解過程中注意抑制劑溶液及時與融化血液混合,不要劇烈振蕩。只要RNA在凍存過程沒有降解,這樣就不會有太大問題。
回復(fù)2:這樣不可避免RNA的降解。我們也遇到這樣的問題,我們的首席教授告訴我們應(yīng)該在凍存時直接加入TRIZOL。這樣可以避免RNA被降解。
回復(fù)
非常感謝!只有提提試一下了。
RNA酶抑制劑溶液是指的什么?1 ml血液加多少有要求嗎?
從上面的求助帖中我們可以總結(jié)出幾大信息:
1. 血液直接凍存到-80℃再提取是個大問題,沒有人能確切回復(fù)可行的操作方案。實際上即使我們查找著名的核酸純化試劑盒公司QIAGEN的網(wǎng)站,也找不到從-80℃凍存的血液中提取RNA的方法。
2. 血液不加任何試劑直接凍存在-80℃時,RNA會降解嗎?如果會降解,多久會降解完?
3. 回復(fù)的建議都是猜測性的,沒有做過實際的測試。
眾所周知,RNA容易降解,所以一般提取RNA都會使用新鮮的樣本,如果新鮮樣本不能立即提取RNA,應(yīng)立即放到-80℃凍存—從這一點上講,發(fā)帖的求助者也沒做錯。但關(guān)鍵是血液中的紅細胞不含有RNA,提供RNA的主要是白細胞,市面上主要的血液RNA提取試劑盒(比如QIAGEN)用到的原理是將白細胞與其它組分分離(用紅細胞裂解液去除紅細胞)再提取其中的RNA。一旦血液經(jīng)過冷凍就會出現(xiàn)溶血現(xiàn)象,這時所有的細胞都發(fā)生破裂,已經(jīng)無法分離白細胞了,使用這種方法自然也就提不到RNA。
Simgen獨創(chuàng)的全血總RNA試劑盒,是無需紅細胞裂解液分離白細胞,直接從全血中提取RNA的,是不是能從冷凍的抗凝血中提取到RNA呢?讓我們實測一下吧:
一、實驗材料:
-80℃冷凍75天的抗凝全血;預(yù)先按500 μl血樣比1 ml Buffer L9的比例加入Buffer L9的同一個抗凝全血樣本作為對照組(備注:Simgen 全血總RNA試劑盒中的Buffer L9與抗凝全血預(yù)混后可在-20℃長期凍存,RNA不會降解)。
二、實驗試劑:
全血總RNA試劑盒(simgen,Cat.No.5201050)、cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen,Cat.No.7306025)、2×SYBR Green PCR Mix(simgen,Cat.No.7106100)、
人β-actin引物(Forward TGACGTGGACATCCGCAAAG/Reverse: CTGGAAGGTGGACAGCGAGG)
三、實驗方法:
1. 分兩組進行對比實驗,每組各做兩管:第一組取2個2 ml離心管,各加入500 μl新鮮全血,編號1、2;第二組加入500 μl新鮮全血后再加入1 ml Buffer L9,混合均勻,編號3、4。將兩組樣本置于-80℃凍存,凍存75天。
2. 75天后取出后置于室溫,待血樣全部融化后,向1、2中加入1 ml Buffer L9混合均勻;
3. 13000 rpm離心10分鐘;
4. 吸取700 μl離心上清轉(zhuǎn)移到裝有500 μl無水乙醇的1.5 ml 離心管中,混勻;
5. 分兩次將混合液轉(zhuǎn)移到核酸純化柱中,離心去濾液;
6. 依次用500 μl Buffer WA和700 μl Buffer WBR各洗滌一次;
7. 用50 μl RNase-Free Water洗脫RNA;
8. 在微量紫外分光光度計上測量RNA的濃度;
9. 瓊脂糖凝膠電泳;
10. 逆轉(zhuǎn)錄制備cDNA;
11. 取5 μl cDNA模板進行RT-PCR檢測。
四、實驗結(jié)果:
1、 在微量紫外分光光度計上用RNase-Free Water調(diào)零,測量洗脫下來的RNA,結(jié)果如下
表1
從表一的數(shù)據(jù)上可以看出兩種方法處理的抗凝血經(jīng)過75天的長期保存后均提取出了RNA,且濃度并無太大差異。
2、在1%的瓊脂糖凝膠上,加入8 μl血液RNA,電泳15 min,結(jié)果如下
圖一:瓊脂糖凝膠電泳圖
M:DL 2000 Ladder DNA Marker
1、2:500 μl冷凍抗凝全血提取的RNA
3、4:500 μl抗凝全血加1 ml Buffer L9預(yù)先混合后提取的RNA
從圖一所示的電泳圖中可以看出,四個樣本的電泳條帶都很清晰。
3、熒光定量PCRβ-actin基因檢測結(jié)果
圖二:RT-PCR曲線(Delta Rn vs Cycle)
陽性:血液總RNA(50 ng/μl) 1、2:500 μl冷凍抗凝全血中提取的RNA圖二:RT-PCR曲線(Delta Rn vs Cycle)陰性:無菌超純水 3、4:500 μl抗凝全血加1 ml Buffer L9預(yù)混對按照
從圖二可以看出,兩組不同處理的冷凍全血中提取的RNA經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄后獲取的cDNA在RT-PCR檢測中幾乎與陽性同時起線,且Ct值較靠前。
從本次實驗可以得出結(jié)論:由于Simgen全血總RNA試劑盒可以從血液中直接分離純化總RNA,不需事先分離白細胞,自然也不怕冷凍血液溶血。本次實驗測試,一次可以從500 μl -80℃貯存75天的冷凍全血中提取到3 μg左右的血液總RNA,且純度很高,完全滿足后續(xù)基因檢測的需要。
最后我們可以對網(wǎng)絡(luò)上的求助帖做幾條有價值的回復(fù)了:
1. 在-80℃凍存的抗凝全血,如果用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA則結(jié)果影響不大。
2. 抗凝全血在-80℃凍存時間小于75天的,提取到的RNA尚未觀察到有嚴重的降解。
3. 解凍后的抗凝全血立即用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA,即使不加RNA酶抑制劑,RNA也不會被降解。
對具體操作感興趣的同學,也可以點擊觀看視頻:https://v.qq.com/x/page/g0323yn2iz8.html
新景生物實驗室-2017.12.2