答：

1） 限制性酶切后電泳質(zhì)粒消失，沒有條帶，或者電泳條帶出現(xiàn)嚴(yán)重的拖尾現(xiàn)象?？赡苁沁x用了野生型的或者是end A⁺的宿主菌所致，并且未用Buffer W1洗滌純化柱。請確保用Buffer W1洗滌純化柱，或者按附錄中的方法對質(zhì)粒DNA作進一步的純化。

2） 酶切不能完全切開。本試劑盒純化得到的質(zhì)粒DNA不存在酶切抑制物，可直接用于酶切（比如20 μl酶切體系中，除去2 μl 10×酶切緩沖液和1 μl限制性內(nèi)切酶的體積后，可直接加入17 μl洗脫的質(zhì)粒DNA用于酶切）。如果酶切不能完全切開，應(yīng)嘗試減少質(zhì)粒DNA的用量，或者增加限制性內(nèi)切酶的用量，并適當(dāng)延長酶切時間。