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如何從-80℃凍存的抗凝全血中提取RNA(技術(shù)文章)

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說(shuō)明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接

我們先來(lái)看網(wǎng)絡(luò)上的一個(gè)求助帖:

已經(jīng)積攢了一批抗凝血,由于當(dāng)時(shí)未多加考慮,取標(biāo)本后就直接放在-80度了,請(qǐng)問(wèn):
這樣對(duì)提取RNA影響大嗎?我該怎樣防止血液融化時(shí)RNA被酶解呢?具體該怎樣操作呢
謝謝。我是新手請(qǐng)多幫助!!!!
回復(fù)
凍存的時(shí)間過(guò)長(zhǎng),即使溫度很低,RNA也可能降解。
你的這種情況,在融解之前在凍塊上面加入RNA酶抑制劑溶液后再融解,融解過(guò)程中注意抑制劑溶液及時(shí)與融化血液混合,不要?jiǎng)×艺袷?。只?/span>RNA在凍存過(guò)程沒(méi)有降解,這樣就不會(huì)有太大問(wèn)題。
回復(fù)
這樣不可避免RNA的降解。
我們也遇到這樣的問(wèn)題,我們的首席教授告訴我們應(yīng)該在凍存時(shí)直接加入TRIZOL。這樣可以避免RNA被降解。
回復(fù)
非常感謝!只有提提試一下了。
RNA酶抑制劑溶液是指的什么?1 ml血液加多少有要求嗎?

從上面的求助帖中我們可以總結(jié)出幾大信息:

1. 血液直接凍存到-80℃再提取是個(gè)大問(wèn)題,沒(méi)有人能確切回復(fù)可行的操作方案。實(shí)際上即使我們查找著名的核酸純化試劑盒公司QIAGEN的網(wǎng)站,也找不到從-80℃凍存的血液中提取RNA的方法。

2. 血液不加任何試劑直接凍存在-80℃時(shí),RNA會(huì)降解嗎?如果會(huì)降解,多久會(huì)降解完?

回復(fù)的建議都是猜測(cè)性的,沒(méi)有做過(guò)實(shí)際的測(cè)試。

眾所周知,RNA容易降解,所以一般提取RNA都會(huì)使用新鮮的樣本,如果新鮮樣本不能立即提取RNA,應(yīng)立即放到-80℃凍存從這一點(diǎn)上講,發(fā)帖的求助者也沒(méi)做錯(cuò)。但關(guān)鍵是血液中的紅細(xì)胞不含有RNA,提供RNA的主要是白細(xì)胞,市面上主要的血液RNA提取試劑盒(比如QIAGEN)用到的原理是將白細(xì)胞與其它組分分離(用紅細(xì)胞裂解液去除紅細(xì)胞)再提取其中的RNA。一旦血液經(jīng)過(guò)冷凍就會(huì)出現(xiàn)溶血現(xiàn)象,這時(shí)所有的細(xì)胞都發(fā)生破裂,已經(jīng)無(wú)法分離白細(xì)胞了,使用這種方法自然也就提不到RNA。

Simgen獨(dú)創(chuàng)的全血總RNA試劑盒,是無(wú)需紅細(xì)胞裂解液分離白細(xì)胞,直接從全血中提取RNA的,是不是能從冷凍的抗凝血中提取到RNA呢?讓我們實(shí)測(cè)一下吧:

實(shí)驗(yàn)材料:-80℃冷凍75天的抗凝全血;預(yù)先按500 μl血樣比1 ml Buffer L9的比例加入Buffer L9的同一個(gè)抗凝全血樣本作為對(duì)照組(備注:Simgen 全血總RNA試劑盒中的Buffer L9與抗凝全血預(yù)混后可在-20℃長(zhǎng)期凍存,RNA不會(huì)降解)。

實(shí)驗(yàn)試劑:全血總RNA試劑盒(simgen,Cat.No.5201050)、

cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen,Cat.No.7306025、

2×SYBR Green PCR Mixsimgen,Cat.No.7106100、

β-actin引物(Forward TGACGTGGACATCCGCAAAG

/Reverse:  CTGGAAGGTGGACAGCGAGG

實(shí)驗(yàn)方法:

1. 分兩組進(jìn)行對(duì)比實(shí)驗(yàn),每組各做兩管:第一組2個(gè)2 ml離心管,加入500 μl新鮮全血,編號(hào)1、2;第二組加入500 μl新鮮全血后再加入1 ml Buffer L9,混合均勻,編號(hào)34。將兩組樣本置于-80℃凍存,凍存75。

2. 75天后取出后置于室溫,待血樣全部融化后,1、2中加入1 ml Buffer L9混合均勻;

3. 13000 rpm離心10分鐘;

4. 吸取700 μl離心上清轉(zhuǎn)移到裝有500 μl無(wú)水乙醇的1.5 ml 離心管中,混勻;

5. 分兩次將混合液轉(zhuǎn)移到核酸純化柱中,離心去濾液

6. 依次用500 μl Buffer WA700 μl Buffer WBR洗滌一次;

7. 50 μl RNase-Free Water洗脫RNA;

8. 在微量紫外分光光度計(jì)上測(cè)量RNA的濃度;

9. 瓊脂糖凝膠電泳;

10. 逆轉(zhuǎn)錄制備cDNA

11. 5 μl cDNA模板進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果:

1.在微量紫外分光光度計(jì)上用RNase-Free Water調(diào)零,測(cè)量洗脫下來(lái)的RNA,結(jié)果如下,


表一的數(shù)據(jù)上可以看出兩種方處理的抗凝血經(jīng)過(guò)75天的長(zhǎng)期保存后均提取出了RNA,且濃度并無(wú)太大差異。

2.1%的瓊脂糖凝膠上,加入8 μlRNA,電泳15 min,結(jié)果如下,


從圖一所示的電泳圖中可以看出,四個(gè)樣本的電泳條帶都很清晰。

 3.熒光定量PCRβ-actin基因檢測(cè)結(jié)果,


從圖可以看出,兩組不同處理的冷凍全血中提取的RNA經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄后獲取的cDNART-PCR檢測(cè)中幾乎與陽(yáng)性同時(shí)起線,且Ct值較靠前

從本次實(shí)驗(yàn)可以得出結(jié)論:由于Simgen全血總RNA試劑盒可以從血液中直接分離純化總RNA,不需事先分離白細(xì)胞,自然也不怕冷凍血液溶血。本次實(shí)驗(yàn)測(cè)試,一次可以從500 μl -80℃貯存75天的冷凍全血中提取到3 μg左右的血液總RNA,且純度很高,完全滿足后續(xù)基因檢測(cè)的需要。

最后我們可以對(duì)網(wǎng)絡(luò)上的求助帖做幾條有價(jià)值的回復(fù)了:

1. -80℃凍存的抗凝全血,如果用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA則結(jié)果影響不大。

2. 抗凝全血在-80℃凍存時(shí)間小于75天的,提取到的RNA尚未觀察到有嚴(yán)重的降解。

3. 解凍后的抗凝全血立即用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA,即使不加RNA酶抑制劑,RNA也不會(huì)被降解。

對(duì)具體操作感興趣的同學(xué),也可以點(diǎn)擊觀看視頻:https://v.qq.com/x/page/g0323yn2iz8.html



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Simgen實(shí)驗(yàn)室

2017.12.02