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震驚!Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒的嚴重缺陷!

作者:新景實驗室
版權(quán)說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請標注出處和本文鏈接

之前小新向大家隆重介紹了一款提取植物RNA的強效產(chǎn)品——高多糖多酚植物總RNA試劑盒,這款試劑盒通用性極強,幾乎可以提取任何植物樣本,受到了很多植物研究人員的喜愛。但是世上萬物沒有十全十美的,今天我們用實驗自爆這款明星產(chǎn)品的缺陷。

實驗目的:

驗證Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒存在的產(chǎn)品缺陷。

實驗材料:

??巳R爾(一種綠色月季花,由浙江農(nóng)林大學友情提供)、研缽、液氮

高多糖多酚植物總RNA試劑盒(Simgen Cat.No.5103050

超微量電子天平(DENVER INSTRUMENT,TP-213

旋渦震蕩器(越新儀器,XH-C

超微量分光光度計(Simgen Cat.No.sim100

電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型) 

實驗方法:

1 a. 稱取250 mg花瓣放入研缽中,加入液氮研磨成粉末狀。加入3 ml已加入β-巰基乙醇的Buffer RCT,繼續(xù)研磨直至呈勻漿狀,分別吸取650 μl勻漿液(按50 mg組織換算成50 μl勻漿物+600 μl裂解液計算)到4RNase-free1.5 ml離心管中,編號1、2、3、4,分別向1、2兩管中加入1 μl RNase A;

 b. 稱取600 mg花瓣放入研缽中,加入液氮研磨成粉末狀。加入1.8 ml已加入β-巰基乙醇的Buffer RCT,繼續(xù)研磨直至呈勻漿狀,分別吸取800 μl勻漿液(按200 mg組織換算成200 μl勻漿物+600 μl裂解液計算)到2RNase-free1.5 ml離心管中,編號5、6;

2. 600 μl Buffer EX,用力混合均勻后離心5 min;

3. 吸取350 μl上清于潔凈的1.5 ml管中,加入350 μl Buffer K混合均勻,混合液全部轉(zhuǎn)移到過濾柱中離心;

4. 棄過濾柱,向濾液中加入700 μl 70%乙醇混合均勻,將混合液分兩次加入核酸純化柱中,離心棄濾液;

5. 依次加入500 μl Buffer WA600 μl Buffer WBR洗滌;

6. 14000 rpm空離1 min去除殘留乙醇;

7. 將核酸純化柱置于潔凈的RNase-free1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入50 μl RNase-Free Water,室溫靜置1 min,離心洗脫得到RNA。 

實驗結(jié)果:

1、在超微量分光光度計上用試劑盒的RNase-Free Water調(diào)零,測量洗脫下來的RNA,結(jié)果如下:

 

1、250 mg加了RNase A的花瓣組織提取的RNA

3、450 mg花瓣組織提取的RNA

5、6200 mg花瓣組織提取的RNA

2、1%的瓊脂糖凝膠上,加入5 μl洗脫的RNA進行電泳,結(jié)果如下:


分析與討論:
 

1. 從樣品編號34測得的濃度可以發(fā)現(xiàn),50 mg??巳R爾花瓣就提取到了大約17 μgRNA,說明這種花瓣的RNA含量非常高。而同樣是50 mg的花瓣,加入了1 μl RNase A1、2測得的濃度只有個位數(shù),相當于沒有,這應該是RNA都被降解掉了。

2. 當樣本量增加到200 mg時,可以發(fā)現(xiàn)只提取到了大約33.5 μgRNA,只增加了大約2倍的量,并沒有按照體積的增量相應地增加4倍。

3. 從電泳圖可以看到,50 mg花瓣提取的RNA條帶清晰完整,加了RNase ARNA確實都降解了,完全沒有看到條帶。200 mg花瓣提取的RNA則存在明顯的降解情況。 

綜上所述,證明了Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒對有RNase A使用的環(huán)境常敏感,究其原因是裂解液Buffer RCTTrizol試劑一樣含硫氰酸胍,不能Trizol試劑一樣有效地變性滅活RNase A

其次,在沒有RNase A污染的正常提取過程中,Buffer RCT采用的策略是在RNA分子周圍形成保護層,防止其被剪切斷裂。但如果樣本中的RNA含量太高,Buffer RCT就不能保證在所有的RNA分子周圍形成有效的保護層,導致最后提取到的RNA出現(xiàn)部分降解的情況。

最后我們提醒用戶使用Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒必須注意以下兩點:

1. Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒RNA酶污染非常敏感,千萬不要在使用RNA酶(比如提取質(zhì)粒DNA)的實驗室提取RNA,包括用過RNA酶的移液器也不能用作提取RNA。

2. 精確控制樣本用量,切忌太隨意。使用Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒時,寧愿少用樣本,也不要多用樣本。對于嫩葉、嫩芽等RNA含量高的樣本,用量應控制在100 mg以內(nèi),只有RNA含量低的樣本(比如土豆,水果等)才推薦用到200 mg的組織,否則提取的RNA可能會出現(xiàn)降解現(xiàn)象。