受新冠疫情的影響,病毒樣本保存液的市場需求量突然劇增,市面上也相繼出現(xiàn)了一批批病毒保存液。但是這些保存液良莠不齊,有的不能室溫保存,增加了保存和運(yùn)輸成本;有的沒有滅活病毒作用,增加了檢測人員的感染風(fēng)險(xiǎn);有的甚至保存效果不佳,嚴(yán)重影響了后續(xù)檢測靈敏度。現(xiàn)階段的樣本采集大多還是采用拭子采樣,但是這種侵入性的樣本采集方法頗為“痛苦”,特別不適合兒童或者嬰幼兒的采樣。因此國外最近開始大量使用唾液采樣代替拭子采樣來進(jìn)行新冠病毒檢測了,并且該方法已被證明與當(dāng)前的拭子采樣具有同等的敏感性和特異性。
前段時(shí)間就有客戶詢問能否用我們的RNA樣本保存液保存唾液中的病毒樣本。但是考慮到RNA樣本保存液通常用于組織樣本,對(duì)于唾液樣本的保存可能不太理想,因此我們專門研發(fā)了一款適用于液體樣本中病毒RNA保存的新產(chǎn)品——病毒樣本保存液。下面讓我們對(duì)比一下新研發(fā)的病毒樣本保存液和RNA樣本保存液在唾液樣本中病毒RNA保存方面的效果差異。
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/span>
對(duì)比病毒樣本保存液和RNA樣本保存液對(duì)唾液樣本中病毒RNA的保存效果差異。
二、實(shí)驗(yàn)材料:
1. 病毒樣本保存液(Simgen Cat.No.4112100)
2. RNA樣本保存液(Simgen Cat.No.4007020)
3. Carrier RNA(Simgen Cat.No.4003101)
4. 新鮮采集的唾液
5. 電熱恒溫培養(yǎng)箱(上海精宏實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司,DNP-9082)
6. 旋渦震蕩器(越新儀器,XH-C)
7. 臺(tái)式離心機(jī)(eppendorf Centrifuge 5415 D)
8. 超微量分光光度計(jì)(Simgen Cat.No.sim100)
9. 電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型)
三、實(shí)驗(yàn)方法:
用添加了Carrier RNA的唾液與保存液按比例混合,放入37℃恒溫箱中,每隔一周提取一次RNA,觀察保存液的保存效果。
RNA樣本保存液:唾液=3:1 | 病毒樣本保存液 :唾液=2:1 |
1. 將混合液上下翻轉(zhuǎn)混合均勻,吸取100 μl混合液到RNase-free的1.5 ml離心管中,加入300 μl裂解液,旋渦振蕩數(shù)秒混合均勻,室溫靜置10分鐘; 2. 加入320 μl無水乙醇,溫和地翻轉(zhuǎn)離心管3~5次混合均勻; 3. 稍離,吸取液體到核酸純化柱中,13000 rpm離心30秒,棄濾液; 4. 在核酸純化柱中加入600 μl Buffer WA,離心棄濾液; 5. 在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WBR,離心棄濾液; 6. 14000 rpm離心1分鐘去除殘留液體; 7. 將核酸純化柱置于一個(gè)RNase-free的1.5 ml離心管中,加入50 μl RNase Free Water,室溫靜置1分鐘,離心洗脫得到RNA。 | 1. 將混合液上下翻轉(zhuǎn)混合均勻,吸取300 μl混合液到RNase-free的1.5 ml離心管中,13000 rpm離心2 min; 2. 吸取上清到新的1.5 ml離心管中,加入300 μl 70%乙醇,溫和地翻轉(zhuǎn)離心管3~5次混合均勻; 3. 稍離,吸取液體到核酸純化柱中,13000 rpm離心30秒,棄濾液; 4. 在核酸純化柱中加入600 μl Buffer WA,離心棄濾液; 5. 在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WBR,離心棄濾液; 6. 14000 rpm離心1分鐘去除殘留液體; 7. 將核酸純化柱置于一個(gè)RNase-free的1.5 ml離心管中,加入200 μl RNase Free Water,室溫靜置1分鐘,離心洗脫得到RNA。 |
8. 將提取到的RNA在超微量分光光度計(jì)上測量濃度,并進(jìn)行瓊脂糖凝膠RNA電泳檢測。 |
四、實(shí)驗(yàn)結(jié)果:
1. 在超微量分光光度計(jì)上用RNase Free Water調(diào)零,測量洗脫下來的RNA,結(jié)果如下:
37℃保存1周后的結(jié)果:
37℃保存2周后的結(jié)果:
1、2是RNA樣本保存液保存的唾液樣本提取的RNA;
3、4是病毒樣本保存液保存的唾液樣本提取的RNA。
2. 在1%的瓊脂糖凝膠上,加入8 μl提取到的RNA,電泳25分鐘左右,結(jié)果如下:
五、討論與分析:
1. 從操作步驟分析,用RNA樣本保存液保存的樣本后續(xù)提取操作稍顯復(fù)雜,需要用到裂解液,且起始樣本量低,一次提取能夠得到的RNA量較少;而用病毒樣本保存液保存的樣本后續(xù)提取更加方便,無需裂解液,且起始樣本量大,一次提取使用的唾液樣本量相當(dāng)于用RNA樣本保存液保存的唾液樣本的4倍,這對(duì)后續(xù)檢測來說相當(dāng)于提高了檢測靈敏度。
2. 因?yàn)椴《?/span>樣本保存液起始唾液樣本的用量相當(dāng)于RNA樣本保存液的4倍,因此為了方便比較,將病毒樣本保存液提取的樣本的洗脫體積增加到200 μl。從濃度測量結(jié)果顯示,用病毒樣本保存液保存的樣本提取的濃度更高,且隨著37℃放置時(shí)間的增加,濃度數(shù)值減少的趨勢明顯小于RNA樣本保存液保存的樣本,說明病毒樣本保存液保存唾液中RNA的效果比RNA樣本保存液更穩(wěn)定。
3. 從電泳圖分析,用病毒樣本保存液保存的樣本提取到的Carrier RNA條帶明顯比RNA樣本保存液保存的樣本提取到的條帶要亮,這與測得的濃度有很好的對(duì)應(yīng)關(guān)系。兩種保存液提取的Carrier RNA隨著在37℃放置時(shí)間的增加,降解情況變化不大,說明兩種保存液均能在室溫環(huán)境(≤37℃)下保護(hù)RNA不被水解。
綜上,兩種保存液均能室溫保存唾液樣本中的RNA,且在2周內(nèi)沒有明顯差異。相比較而言病毒樣本保存液能提取的起始樣本更多,如果用于新冠病毒RNA的核酸檢測靈敏度應(yīng)該更高。當(dāng)然這只是用Carrier RNA測試的結(jié)果,如果用RNA病毒測試又會(huì)有什么樣的結(jié)果呢,敬請期待下期實(shí)驗(yàn)結(jié)果。