快捷導(dǎo)航

容易被誤讀的電泳圖（核酸電泳經(jīng)驗(yàn)之談1）

作者：新景實(shí)驗(yàn)室

版權(quán)說(shuō)明：本文系原創(chuàng)文章轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接

近期連續(xù)接到電泳小白的質(zhì)量投訴，究其原因是看電泳沒(méi)經(jīng)驗(yàn)--感覺(jué)很有必要就一種很容易被誤讀的電泳圖進(jìn)行深入分析：

大家第一眼看上去覺(jué)得最后一孔出現(xiàn)拖尾帶是個(gè)什么情況？拖尾嚴(yán)重且DNA主帶較暗，是DNA降解了嗎？

錯(cuò)。主帶（長(zhǎng)片段）是基因組DNA，拖尾帶是殘留的降解RNA條帶。--憑什么這么說(shuō)？

1. 用戶提取的是新鮮分離的小鼠肝臟組織DNA，并且沒(méi)有加RNA酶消化。

2. 同樣條件提取的DNA（第六孔）殘留的拖尾帶是不連續(xù)的，集中在某一區(qū)域（可以解讀為殘留的降解RNA較少，如果降解DNA的典型帶型參考圖四）。

所以小編立刻堅(jiān)決地否定了用戶有關(guān)DNA有降解的投訴，并預(yù)言：

1.如果在提取DNA時(shí)加入RNase A就不會(huì)出現(xiàn)這種現(xiàn)象。

2.延長(zhǎng)電泳時(shí)間，RNA拖尾會(huì)消失，DNA主帶會(huì)變亮。

3.將電泳凝膠放置一段時(shí)間（如過(guò)夜），拖尾帶會(huì)變暗甚至消失，而DNA主帶會(huì)變亮（可能變模糊但不會(huì)消失）。

用戶帶著滿滿的疑惑嘗試了延長(zhǎng)電泳，結(jié)果對(duì)比如圖二：

有人也許會(huì)有疑問(wèn)，如果不是DNA降解的話，那么DNA主帶為什么會(huì)這么暗呢？其實(shí)這并非DNA量少產(chǎn)生的，而是由于殘留的RNA過(guò)多以致電泳過(guò)程中將大部分EB帶走，使得DNA主帶沒(méi)有足夠的EB對(duì)其進(jìn)行染色。但是如果繼續(xù)電泳一段時(shí)間，或者干脆電泳至RNA跑到電泳緩沖液中后，DNA也就會(huì)染上足夠的EB了，這時(shí)就能看到正常亮度的DNA主帶了。

我們來(lái)看看真正有降解的DNA條帶是怎樣的吧：

是不是覺(jué)得第二孔和圖一的第七孔很像呢？如果小編說(shuō)這是DNA降解的拖尾而不是RNA降解的拖尾，是不是有點(diǎn)懵了。也許你們會(huì)想這看上去和剛才那RNA降解的條帶沒(méi)什么不同，憑什么說(shuō)是DNA降解呢？別急，既然剛剛解釋過(guò)如果小片段的RNA過(guò)多會(huì)將EB帶走而導(dǎo)致跑得慢的長(zhǎng)片段DNA沒(méi)有足夠的EB染上染色，那么小片段的DNA（降解的DNA）也會(huì)有同樣的效果了。如果把電泳時(shí)間延長(zhǎng)的話就能看出不同的結(jié)果了，如下圖：

是不是覺(jué)得有點(diǎn)不可思議，剛開(kāi)始相似的兩幅電泳圖最后卻是不同的電泳結(jié)果，那么怎么去判斷呢？最簡(jiǎn)便的判斷方法就是看提取的樣本是否是新鮮樣本。如果是新鮮的樣本，那么拖尾的就是降解的RNA，因?yàn)樾迈r的樣本一般不會(huì)出現(xiàn)DNA降解，但是很容易殘留RNA；如果是陳舊的樣本，那么一般來(lái)說(shuō)拖尾就屬于降解的DNA了。

如果不能確定樣本是否新鮮，那么另一種有效的判斷方法就是延長(zhǎng)電泳時(shí)間。如果是降解RNA造成的拖尾，那么延長(zhǎng)電泳時(shí)間后就會(huì)使RNA完全降解或者使RNA跑到緩沖液中。但是降解DNA造成的拖尾則不會(huì)出現(xiàn)這種現(xiàn)象，因?yàn)?/span>DNA降解時(shí)有很多片段仍然比較大，很難跑到緩沖液中，并且DNA比RNA穩(wěn)定，不會(huì)在電泳的時(shí)間中出現(xiàn)很明顯的降解或消失。

所以在分析凝膠電泳圖時(shí)，充足的電泳時(shí)間也很有必要，這樣不僅可以使DNA Marker的各條帶分開(kāi)，容易對(duì)比長(zhǎng)度，也能確認(rèn)是何種核酸殘留所造成的拖尾。