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不同病毒核酸樣本保存液的效果差異

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說(shuō)明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接
在疫情防控期間,病毒核酸檢測(cè)顯得尤為重要,為了病毒核酸最大限度地不被降解,在市場(chǎng)上出現(xiàn)了各種各樣的病毒核酸樣本保存液,但是各個(gè)保存液的保存效果各有差異,所以實(shí)驗(yàn)室測(cè)試了不同的病毒核酸樣本保存液,準(zhǔn)備檢驗(yàn)不同病毒核酸樣本保存液保存病毒RNA的效果。

一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>

測(cè)試不同病毒核酸樣本保存液保存病毒RNA的效果。

二、實(shí)驗(yàn)材料

1. 病毒核酸樣本保存液(Simgen Cat.No.4112100

2. 市場(chǎng)上常見(jiàn)的含胍鹽的病毒核酸樣本保存液(新景生物研發(fā))

3. 外購(gòu)對(duì)照病毒核酸樣本保存液(取自華越核酸檢測(cè)采樣管,揚(yáng)州華越科技發(fā)展有限公司生產(chǎn),蘇揚(yáng)械備20150248號(hào))

4. 生理鹽水(Simgen Cat.No.9005500

5. 新冠假病毒(108 copies/ml)(訂單編號(hào):F1518870,復(fù)百澳(蘇州)生物科技有限公司)

6. 新鮮采集的人唾液

7. 病毒核酸純化試劑盒(Simgen Cat.No. 4002050)(產(chǎn)品批號(hào):20211203

8. 2×One Step Probe RT-PCR MixSimgen Cat.No.7406100)(產(chǎn)品批號(hào):20211240

9. 新冠病毒特異性引物及探針(FCCCTGTGGGTTTTACACTTAA/RACGATTGTGCATCAGCTGA,Probe5’-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3’

10. 電熱恒溫培養(yǎng)箱(上海精宏實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司,DNP-9082

11. 旋渦振蕩器(越新儀器,XH-C

12. 臺(tái)式離心機(jī)(eppendorf Centrifuge 5415 D

13. 熒光PCR儀(ABI 7500

三、實(shí)驗(yàn)方法

1. 用唾液將假病毒(108 copies/ml)稀釋到106 copies/ml;

2. 將三種病毒核酸樣本保存液及生理鹽水與唾液(含假病毒)按5:1的體積比(1.5ml + 0.3 ml)混合均勻,分別放在37℃80保存;

3. 保存3天和保存7用病毒核酸純化試劑盒提取種保存液保存的假病毒RNA,提取方法如下

1) 1.5 ml離心管中加入20 μl蛋白酶K貯存液,再加入200 μl樣本(保存液與唾液樣本的混合物)

2) 加入200 μlCarrier RNABuffer VL,旋渦振蕩約15秒混勻。

3) 將離心管置于56℃水浴10分鐘。

4) 加入320 μl無(wú)水乙醇,溫和地翻轉(zhuǎn)4~6次混合均勻。

5) 吸取步驟4)中的溶液加入到核酸純化柱中(核酸純化柱置于2 ml離心管中),蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。

6) 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WBR,蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。

7) 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,13200 rpm離心2分鐘。

8) 2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個(gè)潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入50 μl 56℃預(yù)熱的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12000 rpm離心30秒得到病毒RNA。

2×One Step Probe RT-PCR Mix擴(kuò)增提取到的病毒RNA,擴(kuò)增體系如下
simgen-病毒核酸樣本保存液-生理鹽水-病毒核酸純化試劑盒-2×One Step Probe RT-PCR Mix-擴(kuò)增體系

實(shí)驗(yàn)參數(shù):50℃ 5 min;95℃ 1 min;(95℃ 10s60℃ 30s×40 cycles

四、實(shí)驗(yàn)結(jié)果

13擴(kuò)增曲線圖
simgen-病毒核酸樣本保存液-生理鹽水-病毒核酸純化試劑盒-2×One Step Probe RT-PCR Mix-第3天擴(kuò)增曲線圖

13擴(kuò)增結(jié)果CT
simgen-病毒核酸樣本保存液-生理鹽水-病毒核酸純化試劑盒-2×One Step Probe RT-PCR Mix-第3天擴(kuò)增結(jié)果CT值

27擴(kuò)增曲線圖

simgen-病毒核酸樣本保存液-生理鹽水-病毒核酸純化試劑盒-2×One Step Probe RT-PCR Mix-第7天擴(kuò)增曲線圖

27擴(kuò)增結(jié)果CT
simgen-病毒核酸樣本保存液-生理鹽水-病毒核酸純化試劑盒-2×One Step Probe RT-PCR Mix-第7天擴(kuò)增結(jié)果CT值

五、分析與討論

1. 根據(jù)擴(kuò)增曲線圖1、圖2CT值(表1、表2)分析,除了生理鹽水外,其余三種保存液在第三天與第七天時(shí)37℃保存和80保存結(jié)果相似,CT值差異較小。

2. 根據(jù)擴(kuò)增曲線圖1、圖2CT值(表1、表2)分析,37℃存放7天后,新景病毒核酸樣本保存液(平均CT25.32對(duì)比含胍鹽的保存液(平均CT26.10平均小約0.78個(gè)CT值;比生理鹽水(平均CT27.45平均小2.13個(gè)CT值;對(duì)比外購(gòu)的華越科技的病毒核酸樣本保存液(平均CT35.18平均小9.86個(gè)CT值。
綜上可以推測(cè)出,
新景病毒核酸樣本保存液保存的新冠假病毒對(duì)比,生理鹽水保存的新冠假病毒37℃存放7天后約80%的假病毒RNA被水解;華越科技的病毒核酸樣本保存液保存的新冠假病毒37℃存放7天后則有99.9%以上假病毒RNA已經(jīng)被水解。

3. 根據(jù)圖1及表1還可以推測(cè)出,在新冠假病毒和病毒樣本保存液混合后,如果病毒樣本保存液中不含滅活RNA酶的蛋白變性劑(比如市場(chǎng)上與生理鹽水同類的非滅活型病毒保存液)的,病毒RNA降解非常迅速,在放入80凍存前(操作時(shí)間約20分鐘)已經(jīng)大量水解。

4. 根據(jù)表2的數(shù)據(jù)可以得出結(jié)論,新景生物的病毒核酸樣本保存液與假病毒混合后在37℃存放7天的樣本(平均CT25.32,與同步在80保存的樣本(平均CT24.8對(duì)比CT值變化不大,較市場(chǎng)上常見(jiàn)的含胍鹽保存液(滅活型)(平均CT26.10保存病毒RNA的穩(wěn)定性更高,配套應(yīng)用于RNA病毒檢測(cè)的取樣環(huán)節(jié)能有效提高檢測(cè)的靈敏度。

5. 外購(gòu)的華越科技的病毒核酸樣本保存液較生理鹽水保存病毒的效果更差,并且在與假病毒混合后即開(kāi)始降解病毒RNA,說(shuō)明該病毒核酸樣本保存液含溶解病毒顆粒的試劑組分,但缺少穩(wěn)定RNA的試劑組分,不能用于病毒RNA樣本的保存。







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