一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>
測(cè)試不同病毒核酸樣本保存液保存病毒RNA的效果。
二、實(shí)驗(yàn)材料
1. 病毒核酸樣本保存液(Simgen Cat.No.4112100)
2. 市場(chǎng)上常見(jiàn)的含胍鹽的病毒核酸樣本保存液(新景生物研發(fā))
3. 外購(gòu)對(duì)照病毒核酸樣本保存液(取自華越核酸檢測(cè)采樣管,揚(yáng)州華越科技發(fā)展有限公司生產(chǎn),蘇揚(yáng)械備20150248號(hào))
4. 生理鹽水(Simgen Cat.No.9005500)
5. 新冠假病毒(108 copies/ml)(訂單編號(hào):F1518870,復(fù)百澳(蘇州)生物科技有限公司)
6. 新鮮采集的人唾液
7. 病毒核酸純化試劑盒(Simgen Cat.No. 4002050)(產(chǎn)品批號(hào):20211203)
8. 2×One Step Probe RT-PCR Mix(Simgen Cat.No.7406100)(產(chǎn)品批號(hào):20211240)
9. 新冠病毒特異性引物及探針(F:CCCTGTGGGTTTTACACTTAA/R:ACGATTGTGCATCAGCTGA,Probe:5’-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3’)
10. 電熱恒溫培養(yǎng)箱(上海精宏實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司,DNP-9082)
11. 旋渦振蕩器(越新儀器,XH-C)
12. 臺(tái)式離心機(jī)(eppendorf Centrifuge 5415 D)
13. 熒光PCR儀(ABI 7500)
三、實(shí)驗(yàn)方法
1. 用唾液將假病毒(108 copies/ml)稀釋到106 copies/ml;
2. 將三種病毒核酸樣本保存液及生理鹽水與唾液(含假病毒)按5:1的體積比(1.5ml + 0.3 ml)混合均勻,分別放在37℃和﹣80℃保存;
3. 保存第3天和保存第7天用病毒核酸純化試劑盒提取四種保存液保存的假病毒RNA,提取方法如下:
1) 在1.5 ml離心管中加入20 μl蛋白酶K貯存液,再加入200 μl樣本(保存液與唾液樣本的混合物)。
2) 加入200 μl含Carrier RNA的Buffer VL,旋渦振蕩約15秒混勻。
3) 將離心管置于56℃水浴10分鐘。
4) 加入320 μl無(wú)水乙醇,溫和地翻轉(zhuǎn)4~6次混合均勻。
5) 吸取步驟4)中的溶液加入到核酸純化柱中(核酸純化柱置于2 ml離心管中),蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。
6) 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WBR,蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。
7) 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,13200 rpm離心2分鐘。
8) 棄2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個(gè)潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入50 μl 56℃預(yù)熱的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12000 rpm離心30秒得到病毒RNA。
用2×One Step Probe RT-PCR Mix擴(kuò)增提取到的病毒RNA,擴(kuò)增體系如下
實(shí)驗(yàn)參數(shù):50℃ 5 min;95℃ 1 min;(95℃ 10s;60℃ 30s)×40 cycles
四、實(shí)驗(yàn)結(jié)果
圖1:第3天擴(kuò)增曲線圖
表1:第3天擴(kuò)增結(jié)果CT值
圖2:第7天擴(kuò)增曲線圖
表2:第7天擴(kuò)增結(jié)果CT值
五、分析與討論
1. 根據(jù)擴(kuò)增曲線圖1、圖2及CT值(表1、表2)分析,除了生理鹽水外,其余三種保存液在第三天與第七天時(shí)37℃保存和﹣80℃保存結(jié)果相似,CT值差異較小。
2. 根據(jù)擴(kuò)增曲線圖1、圖2及CT值(表1、表2)分析,37℃存放7天后,新景病毒核酸樣本保存液(平均CT值25.32)對(duì)比含胍鹽的保存液(平均CT值26.10)平均小約0.78個(gè)CT值;比生理鹽水(平均CT值27.45)平均小2.13個(gè)CT值;對(duì)比外購(gòu)的華越科技的病毒核酸樣本保存液(平均CT值35.18)平均小9.86個(gè)CT值。
綜上可以推測(cè)出,與新景病毒核酸樣本保存液保存的新冠假病毒對(duì)比,生理鹽水保存的新冠假病毒在37℃存放7天后約有80%的假病毒RNA被水解;華越科技的病毒核酸樣本保存液保存的新冠假病毒在37℃存放7天后則有99.9%以上假病毒RNA已經(jīng)被水解。
3. 根據(jù)圖1及表1還可以推測(cè)出,在新冠假病毒和病毒樣本保存液混合后,如果病毒樣本保存液中不含滅活RNA酶的蛋白變性劑(比如市場(chǎng)上與生理鹽水同類的非滅活型病毒保存液)的,病毒RNA降解非常迅速,在放入﹣80℃凍存前(操作時(shí)間約20分鐘)已經(jīng)大量水解。
4. 根據(jù)表2的數(shù)據(jù)可以得出結(jié)論,新景生物的病毒核酸樣本保存液與假病毒混合后在37℃存放7天的樣本(平均CT值25.32),與同步在﹣80℃保存的樣本(平均CT值24.8)對(duì)比CT值變化不大,較市場(chǎng)上常見(jiàn)的含胍鹽保存液(滅活型)(平均CT值26.10)保存病毒RNA的穩(wěn)定性更高,配套應(yīng)用于RNA病毒檢測(cè)的取樣環(huán)節(jié)能有效提高檢測(cè)的靈敏度。
5. 外購(gòu)的華越科技的病毒核酸樣本保存液較生理鹽水保存病毒的效果更差,并且在與假病毒混合后即開(kāi)始降解病毒RNA,說(shuō)明該病毒核酸樣本保存液含溶解病毒顆粒的試劑組分,但缺少穩(wěn)定RNA的試劑組分,不能用于病毒RNA樣本的保存。
· 20-40分鐘內(nèi)即可完成體液中總核酸的制備,同步分離純化病毒DNA或病毒RNA· 較傳統(tǒng)的煮沸法提取病毒DNA相比,檢測(cè)靈敏度增加10-50倍以上. 較傳統(tǒng)Trizol法提取病毒RNA相比,檢測(cè)靈敏度增加5-10倍以上· 添加的Carrier RNA有效提高病毒的檢測(cè)敏感性(穩(wěn)定檢測(cè)到體液中濃度為100 copies/ml的病毒)· 無(wú)須酚氯仿抽提及異丙醇沉淀步驟· 所獲的核酸不含雜質(zhì)及抑制物 查看產(chǎn)品
濃度:用于兩棲類動(dòng)物時(shí)0.67~0.70%,用于哺乳動(dòng)物和人體時(shí)是0.85~0.9%人們平常點(diǎn)滴用的氯化鈉注射液濃度是0.9%,可以當(dāng)成生理鹽水來(lái)使用。 查看產(chǎn)品
·擁有第一類醫(yī)療器械生產(chǎn)憑證備案憑證,質(zhì)量得到保證;·滅活病毒,保障使用過(guò)程的安全性;·獲得核酸質(zhì)量好,得率高,并可立即用于下游實(shí)驗(yàn);·病毒 DNA/RNA 可在常溫(0-30℃)保存與運(yùn)輸 1 周不降解。 查看產(chǎn)品
2×One Step Probe RT-PCR Mix是專用于探針?lè)▽?shí)時(shí)熒光定量PCR的兩倍濃度的預(yù)混合液 查看產(chǎn)品