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未知干粉中檢測目的菌種

作者:新景實驗室
版權(quán)說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請標(biāo)注出處和本文鏈接

一、實驗?zāi)康模?/span>

檢測3包未知干粉中是否含有目的菌種。

二、實驗材料及設(shè)備

1.送檢的3包干粉樣本,客戶提供。

2.全血/培養(yǎng)細胞DNA試劑盒simgen,Cat.No.3002050)。

3. 2×PCR Mixsimgen,Cat.No.7003100DL 2000 DNA Marker,目的菌種特異性引物BC-F5-TACGGCATTGGCAAGTATCA-3;BC-R5-CGACATGATTTGGTTTTCCA-3客戶提供

4.  PCR儀:Techne FPROGO5Y Progene Thermal.

5.離心機:Thermo Biofuge pico.

6.無菌超凈工作臺、氣浴恒溫振蕩器、微量紫外分光光度計、電泳儀。

三、實驗方法:

(一)菌液培養(yǎng)

1. 在無菌超凈臺中取3個滅菌處理過的50ml離心管,倒入10ml滅菌處理過的肉湯培養(yǎng)液。

2. 將干粉倒入離心管中,蓋好管蓋,標(biāo)記序號12017.12.13)、22017.12.21)、32018.01.20)。

3. 將離心管放入氣浴恒溫振蕩器中37 ℃、220 rpm培養(yǎng)12小時。

4. 靜置2小時。

(二)菌液DNA提?。?/span>

1. 1.5 ml離心管收集3 ml靜置上清液,編號1、2、3,加入100 μl Buffer TE,旋渦蕩充分懸浮。加入100 μl溶菌酶溶液,旋渦振蕩約15秒混勻,37 ℃水浴30分鐘。

2. 加入20 μl蛋白酶K貯存液,加入200 μl Buffer SL,旋渦振蕩約15秒混勻。將離心管置于56 ℃水浴10分鐘。

3. 12000 rpm離心1分鐘,取400 μl上清液轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管中。

*本步驟是額外增加的,為了除去菌液中混有的不溶物質(zhì)。

*若上清液不足400 μl也無妨,小心不要吸入沉淀。

4. 加入200 μl無水乙醇,旋渦振蕩約15秒混勻。

5. 吸取步驟4中的溶液加入到核酸純化柱(純化柱置于2 ml離心管中)中,蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。

6. 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入500μl Buffer WA, 蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。

7. 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入600 μl Buffer WB, 蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。

8. 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,蓋上管蓋,14000 rpm離心1分鐘。

9. 2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入80 μl 56溫育的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12000 rpm離心30秒。

10. 棄純化柱,洗脫的DNA在微量紫外分光光度計上測量濃度

(三)PCR擴增

1.ddH2O將引物稀釋到10μM。

2.按下表配制PCR擴增體系

組分

1管使用量(μl

n管使用量(μl

ddH2O

13

13×n

2× PCR Mix

20

20×n

上游引物

1

1×n

下游引物

1

1×n

5管的量配制混合液,并以每管35 μl分至4離心管(PCR反應(yīng)管)中

* 其中有一管是陰性對照組

3.向其中一管PCR反應(yīng)體系的混合液中加入5 μl ddH2O 作為陰性對照組,剩余的加入5μl 提取的DNA,標(biāo)好序號,充分混勻,簡短離心以收集殘留在管壁的液體。

4.進行PCR擴增,反應(yīng)參數(shù)如下:

  

三、實驗結(jié)果:

1.在微量紫外分光光度計上用Buffer TE調(diào)零,測量洗脫下來的DNA結(jié)果如下

 

2.配制2%的瓊脂糖凝膠,依次加入5 μl待檢樣本DNA擴增產(chǎn)物、5 μl DL 2000 DNA Marker和陰性對照,接通電源,電泳30分鐘,結(jié)果如下:


1:2017.12.13樣本  2:2017.12.21樣本   32018.01.20樣本   4:陰性對照M:DL 2000 DNA Marker                 

1. 干粉中確實存在一些細菌或真菌,經(jīng)過培養(yǎng)后能提取到濃度不低的DNA。

2. 電泳結(jié)果顯示均未出現(xiàn)亮條帶,說明三包干粉中都不存在目的菌種。