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細菌16SrDNA菌種鑒定

16SrDNA鑒定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定
包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。


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細菌16SrDNA菌種鑒定


16SrDNA鑒定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定。包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。


16SrDNA定義


細菌rRNA(核糖體RNA)按沉降系數(shù)分為3種,分別為5S16S23S rRNA。16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列,存在于所有細菌染色體基因中。


為什么選用16SrDNA進行細菌鑒定?


16S rDNA是細菌的系統(tǒng)分類研究中最有用的和最常用的分子鐘,其種類少,含量大(約占細菌RNA含量的80%),分子大小適中,存在于所有的生物中,其進化具有良好的時鐘性質(zhì),在結(jié)構與功能上具有高度的保守性,素有細菌化石之稱。在大多數(shù)原核生物中rDNA都具有多個拷貝,5S、16S、23S rDNA的拷貝數(shù)相同。16S rDNA由于大小適中,約1.5Kb左右,既能體現(xiàn)不同菌屬之間的差異,又能利用測序技術較容易地得到其序列,故被細菌學家和分類學家接受。

1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 參與生物蛋白質(zhì)的合成過程,其功能是任何生物都必不可少的,而且在生物進化的漫長歷程中保持不變,可看作為生物演變的時間鐘。

2、在 16S rRNA 分子中,既含有高度保守的序列區(qū)域,又有中度保守和高度變化的序列區(qū)域,因而它適用于進化距離不同的各類生物親緣關系的研究。

316S rRNA 的相對分子量大小適中,約1540個核苷酸,便于序列分析。

4、可變區(qū)序列因細菌不同而異,恒定區(qū)序列基本保守,所以可利用恒定區(qū)序列設計引物,將16S rDNA片段擴增出來,利用可變區(qū)序列的差異來對不同菌屬、菌種的細菌進行分類鑒定。


細菌16SrDNA文庫構建


使用PCR方法擴增特定環(huán)境樣品中混合細菌16SrDNA,使用TA克隆方法構建細菌16SrDNA文庫,挑選陽性克隆測定細菌16SrDNA部分序列,并與GenBank中已知序列進行同源性比較,獲得特定環(huán)境中的細菌菌落結(jié)構和細菌多樣性信息。


細菌16SrDNA菌種鑒定技術服務


1、送樣要求

若提供平板、甘油菌或穿刺菌,請注明培養(yǎng)條件,菌種培養(yǎng)需特殊培養(yǎng)基的請?zhí)峁┡囵B(yǎng)基;請確保您提供的平板或斜面上的單菌落經(jīng)過至少三次的分離純化。因?qū)嶒灅悠凡患冊斐傻臏y序套峰,我們將收取全額的實驗費用。

若提供基因組樣品,請確保其濃度≥10ng/μl ,總體積≥50μl ,樣品定量檢測結(jié)果將以我們?yōu)闇省?/span>

若提供菌株為革蘭氏陽性菌,建議您提供基因組DNA。

我們不接受有致病性樣品。如果您的菌株帶有致病性,請?zhí)峁┰摼甑幕蚪MDNA,并對其進行處理以滅活致病菌。

 

2、實驗周期

10-15

 

3、收費標準

咨詢本公司

 

4、提供結(jié)果

1)實驗報告,包括實驗流程,PCR產(chǎn)物電泳圖、進化樹結(jié)果等

2)測序峰圖文件

3)序列文件


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