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作為一個基因檢測公司如何選擇一個好的唾液采集器

作者:新景實驗室
版權(quán)說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請標注出處和本文鏈接

這是一個基因檢測公司在知乎上發(fā)布的帖子,跟帖的人很多,但是回答簡單而空泛,并不能切中要害。“好”的概念是什么?很多跟帖者認為國外的就是好的,也有很多人執(zhí)著于唾液采集器本身是否無菌。到底基因檢測公司應(yīng)該選擇什么樣的采集器呢?或者說我們應(yīng)該從哪幾個方向判斷唾液采集器的好壞?

判斷一個采集器的好壞主要有四個內(nèi)容:唾液DNA能否在室溫長期維持穩(wěn)定、從固定的單位體積唾液樣本中獲取DNA的效率和數(shù)量、純化DNA的步驟的簡便性以及性價比,下面我們將根據(jù)這四個內(nèi)容做具體闡述。

1. 最關(guān)鍵的問題 :維持唾液樣本穩(wěn)定性,也就是如何預(yù)防DNA降解?

唾液中貢獻DNA的來源主要是脫落的口腔上皮細胞和白細胞,所以通過唾液采集DNA之前需要用舌頭攪動口腔壁,保證有更多的上皮細胞摻入到唾液中。把唾液收集后如果不做任何處理,只要室溫放置幾小時,唾液中的DNA就會開始產(chǎn)生降解,電泳檢測提取到的DNA會觀察到有比較嚴重的拖尾現(xiàn)象出現(xiàn)。其主要原因是DNA唾液自源性的DNA酶降解,當然還有部分原因是唾液中帶的細菌增殖后分泌的DNA酶降解了DNA。

如下圖3、4泳道,就是唾液室溫放置了3小時后提取的DNA電泳圖,1、2泳道和5、6泳道則是唾液室溫放置了1小時后提取的DNA電泳圖。

Simgen-唾液DNA采集器-DNA電泳圖

解決方案: 酶失活,穩(wěn)定DNA

既然是酶降解了DNA,問題也很好解決,滅活酶的試劑都可以添加,醇類、酚類、去垢劑、防腐劑等等,總之涉及蛋白變性的試劑都可以用——讓酶失活,DNA就穩(wěn)定下來了。當然蛋白變性劑也會殺死唾液中的細菌,順帶就起到滅菌作用。Simgen唾液采集器添加唾液穩(wěn)定劑,與唾液混合后,室溫放置一年,提取的DNA仍然保持非常好的完整性,未觀察到有嚴重的拖尾現(xiàn)象

對于采集器塑料件做滅菌處理的辦法,在我看來其實是沒有必要的。因為唾液中本身就含有大量的細菌,我們呼吸說話的時候都會從空氣中吸入很多細菌。所以,采集器塑料件是否無菌不是關(guān)鍵,關(guān)鍵的還是配套在采集器中的唾液保存液。

2. 固定體積的唾液樣本中提取到的DNA效率及數(shù)量   

關(guān)于獲得的DNA量(濃度)的問題,我們在新景實驗室的科普文章中多次提到,最終獲取的DNA的量取決于樣本中的細胞數(shù)量。人的唾液中的DNA含量主要是由唾液中脫落的口腔上皮細胞數(shù)量決定的,而非唾液采集器決定。一些唾液采集器的廠家拋開起始唾液樣本的用量大談最終獲得DNA的濃度,實在是一種不負責(zé)任、且不科學(xué)的誤導(dǎo)用戶的行為。

1 ml 普通的唾液大概有0.54×106個白細胞和口腔上皮細胞,1.51×105個口腔上皮細胞才含1 μg DNA(這個計算方法可以參考之前的科普文章,一個細胞含多少DNA"),所以1 ml 唾液中只有大概4 μg DNA,如果我們努力地擠壓我們的臉頰——順帶擠出更多的口腔上皮細胞,最多也就增加個3-4倍的細胞數(shù)量,那么就是1 ml唾液中最多含12-16 μg DNA。

過柱法和磁珠法是公認的高純度DNA提取方法,但不可否認的缺陷是一次性純化的樣本量太小,比如柱子一次通過的溶液量大概最多是800 μl,市面上其他常見過柱方法只能從唾液采集器中吸取200 μl 混合液由于通常唾液采集器是2 ml唾液+2 ml 唾液保存液,實際只相當于吸取了100 μl 唾液),再加結(jié)合液和乙醇體積就接近800 μl了,過柱一次只能提取到1-2 μg DNA;就算過柱兩次,翻倍也最多只能提取到4 μg DNA;磁珠法的孔比過柱法大一些,1.6 ml,原理卻是一樣的。2-4 μg DNA溶解到50-100 μl TE溶液中,大家估算一下,這兩種方法最終提取到的DNA只能在30-50 ng/μl的范圍,這個結(jié)果非常正常。一些唾液采集器廠家于是就在DNA濃度上大做文章:實際上就是把唾液樣本的用量擴大到1-2 ml,用非常繁瑣的沉淀法提取DNA,再把DNA溶解到50-100 μl TE溶液中,結(jié)果是DNA的濃度是上去了;但在DNA的純度,操作的簡便性上根本沒有什么可取性。

解決方案: 將唾液保存液DNA釋放液組合到一起,減少唾液的稀釋比例,達到一次性從更大體積的唾液樣本中提取DNA的目的。

Simgen采用將唾液保存液和DNA釋放液組合到一起的技術(shù)(試劑配方保密),做到了每過純化柱一次相當于從400 μl 唾液中提取到3-7 μg DNA, 如果過柱兩次則可以800 μl 唾液中提取到6-15 μg DNA,溶解在100 μl TE中,濃度就是60-150 ng/μl,不僅能滿足通常的PCR擴增需求,還能滿足基因芯片檢測和高通量測序DNA的要求。

3. DNA操作方法的簡便性。

完成一次提取需要多少時間?節(jié)約時間成本也是在節(jié)約人力成本。沉淀法:效率低,純度差,并且1個樣本提取DNA操作時間至少1小時以上 ,看相關(guān)的網(wǎng)站介紹提取DNA的過程1小時都不止。市面上一般的過柱法、磁珠法提取唾液DNA,1個樣本提取DNA操作時間至少也要花40分鐘以上的時間。

解決方案: 10分鐘完成一次DNA提取

Simgen采用獨特過柱法,2個樣本提取DNA的操作時間只需10分鐘??匆幌?/span>操作步驟是怎么做到的

(1) 800 μl唾液與唾液保存液的混合物13000 rpm離心1 min(沉淀去除食物殘渣等不容物)

(2) 上清液過柱,12000 rpm離心30 s

(3) Bμffer WA清洗一次,12000 rpm離心30 s

(4) Bμffer WB清洗一次,12000 rpm離心30 s

(5) 14000 rpm空離1 min

(6) Bμffer TE洗脫,12000 rpm離心30 s

(7) DNA提取完成

是不是有耳目一新的感覺,如果感興趣,可以點擊

http://v.youku.com/v_show/id_XMzEwOTU2OTcwOA==.html?spm=a2h3j.8428770.3416059.1

觀看Simgen唾液DNA提取的視頻

4. 價格(性價比),拋開前3點談價格也是無意義的。

價格是基因檢測公司非常關(guān)注的,但是價格低的產(chǎn)品不一定性價比高,在考慮性價比的時候一定要將產(chǎn)品質(zhì)量、時間成本和人力成本計算進去,一味地追求價廉而忽略產(chǎn)品的質(zhì)量是不可取的。

解決方案:根據(jù)需求不同,定制不同價位的唾液采集器。

Simgen通過多向比較,優(yōu)選了兩款不同的采集器,當然其中的唾液保存試劑是完全一樣的,后期核酸純化操作也完全一樣,唯一的不同在于唾液采集器本身的構(gòu)造和使用方法,可供不同價格需求的檢測公司選擇。

所以優(yōu)秀唾液采集器應(yīng)該是和后續(xù)的DNA純化試劑完美結(jié)合在一起的,關(guān)鍵要看以下幾個指標: 穩(wěn)定DNA的時間足夠長、單位體積唾液樣本量提取DNA足夠大,提取DNA操作步驟足夠簡便,并且性價比高。